修复工作于1998年5月中旬开始，由米勒娃·麦格校长主持，魔法部战后重建办公室提供资金支持。修复过程将持续约三年（1998年至2001年），涉及数十名专业魔法建筑工匠、上百名志愿者（包括校友和在校高年级学生）以及大量魔法生物（如家养小精灵和部分禁林生物）协助。

修复后的城堡在尽可能保留原有风貌的基础上，对部分结构进行了加固和现代化升级。值得注意的是，修复过程中多次发现“意料之外的加固层”——这些加固层并非战后的产物，而是城堡在一千年前的原始结构中就已经存在、但在历次扩展中被后来的石墙覆盖、在战后的清理中重新露出的部分。斯莱特林的原始防护咒语网络在修复过程中部分被重新激活——因为修复者发现，即使经过了千年的覆盖，那些古老的符文仍然能够响应某些特定指令。

【长期修复】

木桥在1999年秋季完全重建，其设计沿用了原桥的外观但使用了更耐久的木料和结构加密术。大礼堂的修复将在2000年初完成，修复人员在天花板中发现了若干古老咒语的残留痕迹——其中一些可能是四位创始人在建校初期留下的原始魔法烙印，此前一直被封存在后来加建的天花板结构背后。这些发现被移交至霍格沃茨校史研究协会进行进一步研究。

霍格沃茨的修复不是一次性完成的。截至本书付梓的1999年，城堡的主体结构已经恢复使用，但局部区域的整修仍在继续。这座城堡已经存在了一千年，它经历过无数次的战火、事故和扩建——每一次都在石墙上留下了痕迹，而每一次修复都在它的身上叠加了新的历史。